在这个现代时期，明师难求。能得遇善知识的教导，又因宿业所感，屡遇邪缘，致使自他退堕。 因而感同身受药师佛本愿实为末法众生之明灯，是我等凡夫所必须之法药。
对普通人而言，修习药师经，可净化身心，提高道德水平，消一切灾，免一切难，满一切愿，成就一切事实，延寿增福，改变现有命运，获现世乐;对佛弟子而言，修习药师经，可沿正确道路，获究竟成佛的最高成果。
在此提出修持药师法门的几个方法参考，希望能对初学者有所帮助。
1入门：念诵药师经，是修药师法门最基本的修持。读经才能了解药师佛的功德，这样才能培养及增上信心。
以玄奘译本为平时持诵修学的版本，有时间再参考其他译本;若是时间不够的人，应该也最少要读一遍药师佛的十二大愿文，这是药师佛名号功德最根本的纲要。没有了这个根，难以开出念佛名号功德之花果。
2.正行：念药师佛的名号，是药师法门最重要的行持。
在药师佛的本愿及经文中屡屡提到，劝众生闻持专念药师佛号。因为「药师琉璃光」这个名号代表的奥义甚深不可思议，也可以说是药师法门的总持句。
所以专修的行者不应念消灾延寿药师佛，应当念完整的佛号。
3.求解： 对于药师经的内涵，在药师法门稀少的注疏中最为推荐、必读的注解是：《药师经疏钞择要》，此注解事理兼备。
再者是太虚大师的药师经讲记，及印顺法师的药师经讲记。熟读这几部，就能基本掌握药师法门的重点，这样念佛会更加的踏实;其他的注解则可以选读。
所谓解行并进，因为现今推广药师法门的法师较少，所以我们可参考古代大德的注解。
4.求福： 对于暂时无法忘怀世间福乐者，药师佛可以满足这些众生的愿。一般求生净土的人，不屑求世间福报，怕会贪恋障碍往生。然而药师法门可以满足这些暂时无法放下世间福报者的求愿，也不会堕落恶道。 透过药师佛求来的福报，并不是一般的世间福报，是经过药师佛愿力加持的。
有人可能会说若是有人求邪愿或耽溺于欲望，这样求是正法吗?
须知若是求邪愿耽溺欲望，也就不是福报了;因此是与药师佛的愿力不相应的。
不管如何求福都应该是诸恶莫作、众善奉行的。
药师佛的愿力是帮助众生，更容易趋入佛法，比如说你身体生病，要学佛是很困难的，贫穷为了三餐奔走，也很难静下心来学佛。若肢体障碍，也会障碍修行。种种这些人间的缺失，都是药师佛愿力加持所救度的，让你具足暇满人身，才能有余力修行。
劝人往生净土的目的不也是如此吗;就是要到一个无后顾之忧的环境修行。没有福报，临终有人帮你助念吗?没有福报修行的路上就障碍重重，所以药师佛才特别悯念加持罪苦众生。
5.求生：我们这个时代，就个人而言，是真实的罪苦凡夫;这样的人要在这个世界修行，度化众生，没有把握的话恐怕很容易退堕。
所以修药师法门虽然重视的是现世的功德，但也不要忘了求生净土，亲自到净土与佛菩萨修学;得到不退转后，再来这个世界度化众生，这样是比较保险的。
虽然龙树菩萨说这是「怯弱下劣」所行，但一般罪苦深重者确实是如此，这时就需要这种易行道的方便救度，佛也在药师经中劝导有信心的善男女，应当愿生彼国净土。
6.助行：助行可以帮助我们在这个法门更加的精进不退，也是药师经所提到的都可以视为助行，也不会悖离专修的原则。
如持药师咒，放生、燃灯、悬幡、供养僧宝、利益众生、流通药师法门的经典…等等。这些都可以说是药师法门的助行。
7.推广： 如我者凡夫，若有得药师法门的一点受用，想要报佛恩，大力推广药师法门，若凭我们自己的力量是做不到的。
所以我们推广药师法门，必须要导向佛的功德，但我们还是可以介绍他人认识药师佛，让他们听闻药师佛号，赞叹药师佛的功德，劝他人念药师经，或介绍他们读十二大愿文，这都是我们可以做得到的方式。以导向依止药师佛的本愿为主的方式，来介绍这个法门，不必等到成就才能讲经说法，这样人人都做得到;这个法门才能让更多人知道受益。以上仅是个人提出来供初学参考，希望能让对这个法门的轮廓有概略的了解。
药师法门是一个非常重要且比较难修行的法门，虽然很难，但是药师经的功德利益是非常巨大的，我们若是认真的诵持肯定有所收获。以上只是本人的个人观点，若是有什么不正确的地方还希望诸位师兄多多包涵。
